南通港集團建設投資有限公司的主營業務有：
港口碼頭及基礎設施的建設、管理和運營；疏港鐵路的投資、建設和運營；港區物流園區的建設和運營管理；供應鏈管理服務；國內外貨物(含集裝箱)裝卸、過駁、儲存、中轉、報關、報驗、水陸運輸及物流配送；集裝箱拆裝箱、修洗箱、租賃；國際物流信息咨詢；多式聯運；貨物及其它運輸代理；船務代理；港內引航業務；駁船拖帶；海輪協助；水上交通服務；船舶出租；港機修造；港口業務咨詢；港口自有場地、設施、設備租賃；船舶物資供應（化學危險品除外）；港區、鐵路供水；物業管理；工程項目管理；港務工程技術的開發、研究、技術咨詢。